168 摘要 海洋细菌是海洋生物化学的关键驱动因素。组装微生 物基因组是了解复杂环境中结构-功能关系的一种有 效且非常有用的方法。陈教授团队将结合二代和三代 测序平台，开发首个深海微生物宏基因组。他们计划 通过Illumina测序以及来自Oxford Nanopore测序平 台的长读长宏基因组。Contigs和宏基因组组装基因 组(MAGs)将通过混合组装方法组装。这些MAGs将 用于进行功能和系统发育分析，以了解微生物的多样 性。并且混合组装的宏基因组将显著影响下游分析 (BGCs)。 研究活動和進展 • 建立二、三代测序平台应用于各类样本的微生物组 测序；还针对各种微生物组样本开发了用于第二代 和第三代测序平台的混合组装方法； • 已经整合了不同的混合组装方法，并使用这些方法 比较它们的分辨率和微生物组的完整性，以确定最 佳的一种； • 使用上述平台采集了来自南海的两个水样并进行了 测序； • 开发基因组挖掘方法，从这些高分辨率微生物组宏 基因组中识别出生物合成基因簇(BGCs)。 主要發現 • 探索二、三代测序方法，建立实验流程； • 获得高分辨率宏基因组，contigs和宏基因组组装基 因组(MAGs)质量更高，数量更多； • 展示了混合组装在宏基因组下游分析中的优势(生物 合成基因簇BGCs)； • 从人体肠道、大鼠肠道、土壤和深海水样品中获取 高质量的MAGs (58,110,14,39)； • 从人体肠道、大鼠肠道、土壤和深海水微生物组中 获得新的241，150，50和201个BGCs。 研究成果 在投文章 0 培养人才 2 建立南海深海微生物宏基因組數據庫 陈声教授 香港城市大学 图1. (A) 混合组装得到深海水的高质量细菌基因组(MAGs) (B) 发现新的BGCs
RkJQdWJsaXNoZXIy NDk5Njg=