80 摘要 Anguillid鳗鱼是一种有价值的水产养殖品种，也是日 本料理的重要食材。鳗鱼苗的生长和存活率较低，而 且我们缺乏确定幼鳗性别的相关知识，这都阻碍了从 人工繁殖过渡到可持续大规模鳗鱼养殖的可能性。基 因组测序技术的进步使我们可以继续研究尚未完全解 决的基础进化问题。在第三轮全基因组复制之后，鳗 鱼是与大多数硬骨鱼分离的第一批种群之一。鳗鱼与 其他硬骨鱼类的比较将有助于鱼类的进化。以日本鳗 鱼作为研究对象，黄教授团队准备通过显着改善基因 注释和缩小基因组装缺口，从而得到高质量的连续参 考基因组序列。对具有代表性的Anguilla鳗鱼及与其他 地理进化分支不同进化距离的品种进行高分辨率比较 分析，从而识别共线组块、比较遗传学和结构变异、 并揭示其系统发育关系。该研究团队将表征鱼的性别 确定机制。这项研究将解析Anguilla鳗鱼品种潜在的遗 传基础，以加快全基因组DNA鉴定平台的发展，从而 在水产养殖和保育中进行分子育种，以促进鳗鱼种群 的恢复。 研究活動和進展 • 开发HybridLink 管道并完成雌性日本鳗鱼的基因 组组装和注释； • 祖先硬骨鱼/鳗鱼核型、系统发育树和人口统计历 史的构建； • 识别最近重复的串联重复和近端重复基因； • 雄性鳗鱼基因组的文库制备，等待HiFi 测序； • 在制备未成熟、雄性和雌性鱼的性腺 RNA 样本的 过程中，等待 RNA-seq。 主要發現 The completeness of Anguilla japonica gene by BUSCO assessment Complete BUSCOs(C) 3446 (94.7%) Complete and singlecopy BUSCOs(S) 3136 (86.2%) Complete and duplicated BUSCOs(D) 310 (8.5%) Fragmented BUSCOs(F) 50 (1.4%) Missing BUSCOs(M) 144 (3.9%) Total Lineage BUSCOs 3640 (100%) 研究成果 发表文章 1 培养人才 2 對日本Anguilla japonica鰻魚進行高分辨率基因組裝配及性別確定機 制的表征 黄港住教授 香港浸会大学
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